東に
佐賀県と隣接する以外、周りは海である。対馬、壱岐、五島などの島嶼が多く、その数は971で全国一である。また、
海岸線の長さは4,137kmで、
北海道に次ぐ全国2位であるが、
北方領土を除いた場合の北海道の海岸線は2,978kmとなり、大差で長崎県が第1位となる。面積が北海道の約20分の1である長崎県の海岸線がこれほど長大なのは、島嶼が非常に多いことに加え、
リアス式海岸で海岸線が複雑に入り組んでいるからである。この地形的特徴により、長崎県全域に83箇所の
港湾が点在している。その数は全国の7.4%に及び、全国有数の港湾県となっている。ちなみに長崎県内に、海岸線からの距離が15km以上の地点はない。