縄文時代の遺跡は荒川上流域にあたる市域北部の山間地域から中部の沖積低地にかけて散在し、同じく山間地である
早川流域や
芦川流域と共通した特徴を持つ。県内において縄文遺跡は早期から盆地南部の
曽根丘陵(旧中道町域)や
八ヶ岳山麓など山麓、丘陵地域を中心に分布しており、丘陵地形の未発達な市域では縄文遺跡は少ないが、市域北部では早期からの遺跡や遺物が見られる。
弥生時代の遺跡は隣接する甲斐市南部(旧
敷島町域)にある弥生中期から後期の
金の尾遺跡が県内ではじめて発見された大規模弥生集落として知られるが、市域では把握が不十分であるものの弥生時代の遺構には乏しく断片的に発見されている遺物が中心となっている。県内では弥生前期から弥生文化の伝来があり、市域では荒川扇状地の
榎田遺跡が弥生後期の集落遺跡として知られ、住居跡や
方形周溝墓などが検出されている。遺物は自然堤防や微高地上に分布し、東海系や北陸系などの様々な特色をもった土器が発見されていることから複数経路で導入されたと考えられている。
水田跡などは検出されていないが、増坪遺跡から炭化米が発見されている。